深圳市东深水源保护办公室是市环保局的直属单位,主管东深供水工程深圳辖区的水源保护工作,肩负着保护深圳和香港两地主要饮用水源--深圳水库水质职责。它成立于1993年3月，是纳入公务员管理的、具有行政执法权的正处级事业单位，配备财政全额拨款事业编制35名,内设综合科、规划审批科、监督巡察科；在业务上，受市环保局的委托，主要负责东深水源保护区的环境保护现场监督管理、建设项目审批和排污收费等工作，同时还承担沙湾地区排污泵站和管网等设施的运行和维护管理工作。

　　多年来,市东深水源办克服种种困难，坚决贯彻执行饮用水源保护的法律法规，严把审批关，从源头上削减污染源；加强工业污染源的监督管理，积极参与清理违章养殖场等面污染源；维持沙湾排污泵站的正常运行，避免生活污水直接污染饮用水源，为保护水源水质做了大量的工作，使东深供水进入深圳辖区后的水质达标率逐年上升。为此，东深水源办先后多次被评为广东省东深水质保护工作先进单位、深圳市环境保护局先进单位、以及二○○○年度深圳市"青年文明号"。深圳市的东深水源保护工作对于保障深港两地上千万人的身体健康，促进深港两地的经济发展和社会稳定发挥了重大作用。